Na het ontstaan van de Afscheiding, begonnen door Ds. Hendrick de Cocq te Ulrum in 1834, waren er ook in Leiden al gauw heel wat lidmaten van de Hervormde gemeente die hun lidmaatschap opzegden. Op 28 januari 1836 kwamen deze afgescheidenen voor het eerst bijeen en ontstond een eigen gemeente. Er werden toen twee ouderlingen gekozen en in een volgende vergadering twee diakenen.

De bijeenkomsten van deze gemeente werden de eerste twee jaar een aantal malen gehouden bij Dirk Tuyl, een landbouwer aan de Hoge Rijndijk onder Zoeterwoude, maar meestal in een (pak)huis van Catharina Elisabeth Pauw, een turfverkoopster, aan de Langegracht (thans nr. 47). Vervolgens kwam men bijeen in een zeeppakhuis van de fa. Dros en Tieleman op de plaats van het huidige pand Nieuwe Rijn 85. Vanaf 1840 stelde deze firma een groter gebouw ter beschikking, voorheen een huis met stal, maar al snel tot een echte kerk omgetoverd. Dit stond aan de Oude Vest op de (westelijke) hoek van de Marendorpse Achtergracht, thans Van der Werfstraat geheten. Sedert de grote stedenbouwkundige ingrepen van de zeventiger jaren staat ter plaatse de studentenflat “Pelikaanhof”.

De bijeenkomsten waren in het begin ook wel verdeeld over meerdere adressen om niet boven het getal van twintig vergaderden uit te komen. Dit omdat samenscholingen van grotere groepen door de overheid waren verboden! De Leidse Rechtbank veroordeelde de Leidse Afgescheidenen wegens het overtreden van het verbod op deze vergaderingen in zeven vonnissen, waarvan het laatste werd uitgesproken op 14 september 1838.

Om van de druk van boeten en gedwongen inkwartiering van militairen verlost te worden, ontstond meer en meer de neiging om zich aan de overheid te onderwerpen en toelating te vragen tot vrije godsdienst­oefening. Ook de Leidse gemeente diende op 17 mei 1839 een rekest in bij Koning Willem I, dat echter werd afgewezen. Op het tweede verzoek van 23 juli 1840 werd 6 oktober daaropvolgend gunstig beschikt door de Koning (die de volgende dag troonsafstand zou doen). Dat wil zeggen, men mocht voortaan, zij het niet als Gereformeerden, maar als een “Gemeente van Afgescheidene Christenen” te Leiden, zonder langer strafbaar te zijn kerkelijke samenkomsten houden van meer van twintig personen.

De eerste predikant op wie een beroep uitgebracht werd en dit aannam was Ds. H.A. Leenmans van Schiedam; hij stond hier van 1 mei 1846 tot 25 juli 1850. In deze jaren ontstond er binnen de gemeente een geschil over de wijze waarop de Dordtse Kerkorde moest worden nageleefd. Dit geschil was oorzaak dat een deel der gemeente afzonderlijk ging vergaderen (en dus al snel een eigen gemeente vormde), eerst vanaf 18 maart 1848 in een theekoepel van Johannes Dee aan de Trekvliet en vanaf 7 februari 1854 in een gebouw aan de Herengracht. Op de Synode die van 3 tot 17 juni 1857 te Leiden werd gehouden, werd het geschil uit de weg geruimd, maar tevens overeengekomen dat beide gemeenten hun eigen leven zouden blijven leiden.

De gemeente “Oude Vest” verhuisde op 2 oktober 1859 naar een kerkgebouw aan de Hooigracht (sedert 1870 huisnr. 97). De gemeenten stonden sedertdien bekend als “afdeling Hooigracht” en “afdeling Heren­gracht”. De gemeente Herengracht werd bediend door de predikanten Th. de Wit, H. Wiersma, C. Roobol en J. Holster; de laatstgenoemde stond er van 1864 tot 1902!

Op de in 1869 gehouden Synode te Middelburg kwam de hereniging van de Afgescheidenen met de “Gereformeerden onder het kruis” tot stand en werd de naam van de Kerk gewijzigd in “Christelijk Gereformeerde Kerk”. In Leiden gingen de Gereformeerden onder het kruis echter niet mee met deze landelijke ontwikkeling en bleven zelfstandig; ook later zouden zij hun zelfstandigheid bewaren en niet opgaan in de Gereformeerde Kerken.

De tweede reformatorische beweging binnen de Nederlandse Hervormde Kerk in de 19de eeuw, bekend onder de naam Doleantie, vond overal in het land medestanders. Te Leiden ontstond daaruit een gemeente, die aanvankelijk bekend stond onder de naam “Nederduitsch Gereformeerde Kerk”. Al spoedig werd een kerkgebouw gesticht aan de Oude Vest nr. 133, dat op 23 december 1888 in gebruik werd genomen.

Op de op 17 juni 1892 te Amsterdam gehouden Synode vond de vereniging op synodaal en classicaal niveau plaats der beide kerkengroepen: de Christelijk Gereformeerde en de Nederduitsch Gereformeer­de kerken. De verenigde kerken voerden vanaf die datum de naam: “de Gereformeerde Kerken in Nederland”. De drie Leidse gemeenten kregen daarbij de naam Gereformeerde kerk A (Hooigracht), Gereformeerde kerk B (Herengracht) en Gereformeerde kerk C (Oude Vest). Bij de plaatselijke ineensmelting op 12 december 1905 verviel deze aanduiding en ontstond “de Gereformeerde Kerk van Leiden”.

Het bezit van drie vrij dicht bij elkaar staande kerken in een zich vooral buiten de singels uitbreidende stad was niet ideaal. Toen de Hooigrachtkerk ingrijpende en dus kostbare reparaties diende te ondergaan, werd overwogen de kerk te vervangen door een geheel nieuwe ergens in een nieuwbouwwijk. Uiteindelijk werd dit de Zuiderkerk aan de Lammenschansweg, die op 10 oktober 1939 in gebruik genomen werd. De Hooigracht­kerk werd daarna verkocht aan de firma Dros en Tieleman, die er een pakhuis van maakten.

In 1944 ontstonden de Gereformeerde Kerken in Nederland onderhoudende art. 31. Ook in Leiden kwam er een vrijgemaakte gemeente. Deze genoot in het begin gastvrijheid in het kerkgebouw van de Lutherse gemeente aan de Hooglandsekerkgracht, maar dit was geen blijvende oplossing. Toen in 1957 de Gerefor­meerde Kerken door de voortschrijdende ontvolking van de binnenstad de bouw van een nieuwe kerk in een nieuwbouwwijk overwogen, de latere Petrakerk aan de Curaçaostraat, werd de Herengrachtkerk overbodig. Op 18 juni 1957 werd besloten deze te verkopen aan de Gereformeerde Kerk (Vrijgemaakt), die er sedertdien gebruik van maakt.

De geschiedenis van het kerkgebouw

Zoals reeds vermeld hield een groep Afgescheidenen sinds 1854 kerkdiensten aan de Herengracht. Deze gracht was in 1659 gegraven nadat het stadsbestuur had besloten de stad in oostelijke richting, tot de huidige Zijlsingel, uit te breiden. De stadsmuur met muurtorens, die in 1355 was aangelegd, werd gesloopt. Tijdens graafwerkzaamheden bij de laatste restauratie werd onder het binnenplaatsje aan de Vestestraat – een naam die overigens aan de stadsvest herinnert – een gedeelte van de fundering van deze muur en de Grietgensto­ren teruggevonden. De vroegere stadssingel, die lag ter plaatse van het huidige kerkgebouw, werd gedempt met de uitkomende grond van de nieuwe evenwijdig daaraan gegraven Herengracht. Direct na het gereedkomen van de gracht werd de grond verkaveld en verkocht, waarna er huizen op werden gebouwd. De tegenwoordige kerkzaal neemt de plaats in van een drietal van deze huizen! De twee noordelijk gelegen huizen werden in de eerste helft van de negentiende eeuw gesloopt om te worden vervangen door een pakhuis. Dit werd op 2 oktober 1852 door Betje Machielse, weduwe van de lakenhandelaar Abraham Andreson, verkocht aan de Christelijk Afgescheiden Gemeente. De kerkeraad richtte op 29 maart 1853 een rekest tot Z.M. Koning Willem III om het aangekochte pakhuis als kerkgebouw te mogen gaan gebruiken. De kosten van de noodzakelijke verbouwing werden geschat op / 1000,– en zouden door de gemeenteleden worden gedragen. De vereiste goedkeuring werd op 9 juni 1853 ontvangen. Helaas zijn de tekeningen die voor deze verbouwing werden ingediend, mogelijk bij de Leidse stadhuisbrand in 1929, verloren gegaan. Hierdoor is niet goed meer te achterhalen hoe de inrichting van dit voormalige pakhuis er uit gezien heeft.

Bij de ontmanteling van het kerkgebouw in november 1983 bleek onder in de orgelkast de draagbalk nog aanwezig te zijn van een vroeger orgel. Hierop was met potlood geschreven: deze kerk is verbouwd en vergroot in het jaar 1878. Ook van deze verbouwing bleven voor zover bekend geen tekeningen of andere archivalia bewaard. In de “Leidsche Courant” van 10 december 1878 is het volgende bericht opgenomen: Leiden, 9 december 1878. De Christelijk Geref. Gemeente (Heerengracht) kwam gisteren voor het eerst bijeen in haar vergroot en bijna geheel vernieuwd kerkgebouw. De Heer J. Holster, pred. bij die gemeente, hield bij die gelegenheid eene toepasselijke rede, naar aanleiding van Ps. 65, vs. 2. Aan het slot zijner rede bragt hij den dank der gemeente aan den architect, den heer W.F. van der Heyden, aan de aannemers van het werk en aan allen die tot het welslagen der zaak hadden medegewerkt.

Uit dit krantebericht valt af te leiden, dat het in 1853/54 tot kerk verbouwde pakhuis in 1878 werd gesloopt, evenals het woonhuis aan de zuidzijde ervan, dat kort tevoren door de kerkeraad was aangekocht. Dit is de reden waarom het kerkgebouw twee huisnummers heeft. Deze werden in Leiden in 1871 ingevoerd. Het pakhuis had voorheen het nummer Wijk 7 nr. 134 en 135 en werd toen vernummerd in Heerengracht 70; het woonhuis was Wijk 7 nr. 133 en werd Heerengracht 68.

Op de plaats van pakhuis en woonhuis werd door de architect W.F. van der Heijden het huidige kerkgebouw ontworpen. Duidelijk is dat hij daarbij is uitgegaan van de voorgevel en pas daarna aan het interieur gedacht heeft. Alleen daardoor is het verklaarbaar waarom de vensters in de “zijbeuken” niet exact in de as van die “zijbeuken” zijn geplaatst. Tijdens de sloop van het bankenplan kon gedeeltelijk worden achterhaald hoe het interieur er vanaf 1878 heeft uitgezien. Langs beide zijmuren waren banken opgesteld, terwijl in het middenvak alleen stoelen stonden. Vooraan rond het “doophek” was een aantal zogenaamde “dovenbanken” geplaatst. Achterin stond meteen voor het orgelbalkon een bank met een soortgelijke overhuiving als die aan weerszijden van de preekstoel.

In 1903 was het aantal kerkgangers zodanig toegenomen dat een uitbreiding van het aantal zitplaatsen noodzakelijk was. Architect H. Bonda uit Amsterdam maakte het plan, dat werd uitgevoerd door de Leidse aannemer F. de Zwart. Op de begane grond werd het bankenplan uitgebreid, zodat de banken als het ware in een halve cirkel rond de kansel waren opgesteld. Om het aantal zitplaatsen te vergroten, werd ook de galerij uitgebreid naar voren en aan weerszijden. Aan het orgel werd niets gewijzigd.

Omstreeks 1925 is het interieur van de kerk nogmaals gewijzigd. De “houten broek” werd door een nieuwe kansel vervangen. Aan weerszijden daarvan werden twee toegangsdeuren aangebracht. Ook de consistorie en achtergang dateren vermoedelijk van deze verbouwing. In dezelfde tijd werd het orgel belangrijk uitgebreid. Hiertoe werd de kas naar voren gehaald en vervolgens aan de achterzijde uitgebreid. Naar de plannen en onder begeleiding van J.H. Besselaar, organist van de (Geref.) Nieuwe Zuiderkerk te Rotterdam, werd het instrument door de Leidse orgelmaker G. van Leeuwen en zijn zoons onder meer voorzien van een elektro-pneumatische traktuur. Op 30 maart 1926 werd het orgel in gebruik genomen. Het programma van de feestavond werd in november 1983 bij het demonteren van de orgelkas gevonden. Het orgel is toen volledig vernieuwd, met handhaving van de kas. Het door W.N. de Jongh te Lisse gemaakte orgel werd op 4 oktober 1985 in gebruik genomen.

Nadat de kerk in 1957 was aangekocht door de Gereformeerde Kerk (Vrijgemaakt) werd de galerij aan de onderzijde dichtgezet en verdwenen de zogenaamde armenbanken. Bij de restauratie van 1983/84, naar plannen van architectenbureau Van der Sterre-Peetoom te Leiderdorp, is het interieur van de kerk drastisch gewijzigd. Het houten bankenplan werd uitgebroken en vervangen door stoelen. Als herinne­ring aan de oude situatie zijn links en rechts de zogenaamde herenbanken gehandhaafd en is achterin een extra bank toegevoegd. De kansel is voorzien van een luifel, terwijl het orgelbalkon is teruggebracht tot de omvang van 1878.

De gerestaureerde kerk werd op 14 september 1984 weer in gebruik genomen.